Він опублікував низку дуже актуальних статей в українських виданнях у Відні: «Вістник політики, літератури й життя», «Вістник Союза визволення України», у журналі «Воля», у німецькій газеті «Die Zeit», у Львові в газетах «Діло», «Нове життя», у «Літературно науковому віснику». Деякі питання з цих статей залишилися актуальними до сьогодні.
В період Другої світової війни та української національної революції Окуневський описував найбільш болючі проблеми українців, писав про положення українського народу, опублікував статті: «Народи з самовизначенням і без самовизначення» (1917), «Українська нація і українська держава» (1918), «В своїй хаті своя сила і воля і правда» (1918), «Козацький Самсон – німецька Даліла» (про гетьмана Петра Скоропадського, 1918), «Мілітаризм» (1918) та ін. В НТШ зберігається список, в якому його статті на медичні теми, «Проф. Іван Микулич Радецький» (1905), «Санітарна місія до Укр. Галицької армії» (1923).
У 1921 році Окуневський готував до перевидання в НТШ у Львові найбільш актуальні 22 статті. В бібліотеці НТШ (тепер відділ україніки Львівської національної наукової бібліотеки України ім. В.Стефаника) збереглися його записи і поправки, зроблені на вирізках з преси раніше надрукованих статей. Слово «руські» в ранніх статтях ХХ ст. виправлено на слово «українські», зроблено низку дописок. До книжки Окуневський планував включити статті: «Ми нація старокультурна» (1897), «Корони королівські, князівські, шляхоцкі» (1903) «Мої австро-руські спомини» (1904), «Дещо про лояльність» (1906), «Де сіялися українські кості і за що» (1909) та ін. Проте видання цих статей Окуневського тоді не відбулося, може через їх різко критичне ставлення до польської влади.
Окуневський писав: «Здається, усі чесні люди стоять за тим, що усі каригідні вчинки повинні бути покарані. В цивілізованих державах є навіть осібний урядник, що має обовязок з уряду переслідувати усі каригідні вчинки і приводити їх до заслуженеої кари. У всякої суспільности єсть однако ще і инші вчинки, що нажаль не підпадають під ніякий параграф обов’язуючих законів, от як приміром недодержанє слова чести, хрунівство, деякі недостатки суспільної совісти. Пан прокурор тих вчинків, хоть як вони каригідні, не переслідує ex offo. Тут мусить уже сама суспільність держати суд і розправу. Суспільність, що має горожанську моральність в серци, карає такі вчинки загальною погордою, піддаючи їх до загальної відомости, під загальний осуд. В тій для суспільної совісти так важній справі помагає суспільности чесна журналістика» (Діло, 1904, № 118).
«Якби не було австрійського штату у нашій галицькій країні; якби та стародавна Жеч Посполіта Польска, що у нас панує, не мала для своєї підмоги усю силу австрійської держави з її манліхерами і жандармами, то пішла би луна по усій країні… Терпцю уже не стало!... Біль затаєний щемить в серці усього українського народа, біль козацький, біль гайдамацький, біль за панщину, за сервітути, за ліси, пасовиська, за той увесь утиск національний, релігійний і економічний, під яким ми стогнемо з діда прадіда… А що ж сама польська нація, що вона каже?» (Діло, 1907. № 38).
Після розпаду царської Росії Окуневський пише: «Фіни проголосили свою автономію і держаться кріпко за свої вольности, хоть козаки їм сойм розігнали. Україна організується і бере самосвідомо управу в свої руки, хоч там їх полк Полуботка і Хмельницького постріляли. Без жертв нема нічого на світі» (Діло, 1917, № 226-7)
«Думки про «поступ і рай» на землі леліяли Овени і Фурієри і Маркси і Енґельси і інші теоретики соціялізму…Одначе прийшла та хвиля, що в їх (Леніна і Бронштейна) опинилися власть і сила, щоб завести той рай на землі, і викотили вони гармати проти Таврійської палати, де засіли установчі збори, і розігнали їх багнетами. І виходить, що не може ставатися усякий по своєму, а всі по Лєнінсько-Бронштейнівському рецепту і «на сьому бить».
На руїні царату заложилась Українська Республіка. Всі суспільні верстви і робітники і солдати і селище там в Центральній Раді і всі народи, що заселюють Україну; і Москалі, і Жиди, і Поляки мають своїх заступників і тут і в Генеральнім Секретаріаті. Здавалося б, тут і переведене в життє що називається самоозначенням народів, яке голосить большевицька платформа….. А як я роками перед війною закликав українську суспільність, аби давали хлопців до юнкерських (кадетських) шкіл, виходячи з того, що і в тім, все таки в державі впливовім стані, нам треба мати своїх людей….. Згодом прийшла і наша суспільність до голови по розум і почала на нашій галицькій землі закладати Січи та Соколи з вояцькою дисципліною» (Вістник…, 1918, № 7).
В цьому ж році Окуневський пише: «Шукав український нарід «Божої правди на світі», шукав за Хмельницького, шукав за Гайдамаччини. Шукає він її тепер знов. Вариться на Україні, кипить. Чи се «руїна», чи се корчі перед народженням нової України без холопа і без пана. Я вірю в се послідне. Я вірю в животворну силу мужицького українського народа, що своїм ралом економізував і степи чорноморські, і слободи за Дніпром і за Доном, пішов і на Кавказ, і за Урал і Амурську країни і за море в Канаду (Діло 1918, № 225).
В 1924 р. в газеті «Діло» Окуневський писав: «Це найбільший жаль, що ціла Соборна Україна із сорока мільйонів не видала із свого нутра Наполеона, або хоть Наполеончика….Француз Thiers не тільки історію писав, але і історію Франції робити умів. Грушевський історію України пише, а робити її не потрафив».
Окуневський не раз забирав голос в пресі, щоб кликати земляків «до згоди, до шляхотности, до енергії, щоб поборювати нашу призвичаєну млявість, безпорадність і недбальство».
Книжки і статті Ярослава Окуневського, його внесок в морську медицину, в літературу, його листування з І.Франком та іншими були заборонені та замовчувані в УССР. Тепер в Україні повертається його ім’я, перевидано його «Листи з чужини» (Київ, 2009), відзначено його 150-річчя, опубліковано статті про нього. В тих умовах, в яких тепер опинилася Україна, чи не варто було б також опублікувати підготовлену Окуневським книжку зі статтями того часу?
