Народився Степан Стойко у багатодітній сім’ї священика, якому доводилося служити у селах Кричево та Торунь на теренах Підкарпатської Русі Чехословацької Республіки (Закарпатська область). Тож з дитинства Степан зростав у середовищі християнської моралі, звикав до праці та високої культури поведінки, отримував знання багатьох мов та став патріотом, шанувальником національних традицій та рідної природи.
Середню освіту отримав у класичній гімназії м. Хуст, а вищу — у Львівському сільськогосподарському інституті, який закінчив у 1949 році, де отримав кваліфікацію інженера лісового господарства. Під керівництвом академіка Петра Погребняка Степан Стойко захистив у 1955 році кандидатську дисертацію, а в 1969 р. — докторську — про дубові ліси Українських Карпат. У 1980 році Степану Михайловичу було присвоєно вчене звання професора за спеціальністю „Ботаніка“, а у 2005 році Стойко став лауреатом Державної премії України в галузі науки і техніки.
Степан Стойко на початках трудової діяльності працював учителем та лісничим Ужгородського лісгоспу, а пізніше — доцентом Львівського лісотехнічного інституту, старшим науковим співробітником Державного природознавчого музею АН УССР, а далі завідувачем відділу „Охорони природних екосистем“ у цьому ж музеї, потім у Львівському відділенні Інституту ботаніки ім. М. Г. Холодного АН УССР і, врешті, Інституту екології Карпат НАН України. Водночас упродовж 20 років викладав на географічному факультеті сьогодні Львівського національного університету ім. Івана Франка. А також готував кадри вищої кваліфікації в царині біологічних, географічних та сільськогосподарських наук (12 кандидатів та 3 докторів наук).
Професор Степан Стойко — відомий громадський діяч, ініціатор важливих природоохоронних ініціатив. Він тривалий час був заступником голови Наукової ради з проблем біосфери в Західному науковому центрі АН УРСР, очолював Львівське обласне відділення Українського товариства охорони природи, його обирали головою Ради Львівського будинку вчених. Завдяки його зусиллям в Україні було створено Карпатський державний заповідник (1968), а потім Карпатський біосферний заповідник (1993), також національні природні парки: Карпатський (1980), Шацький (1983), Яворівський (1998), Сколівські Бескиди, Ужанський (1999) та інші.
Наукова діяльність С. Стойка стосувалась досліджень та охорони біорізноманіття рослинності, екосистем, ландшафтів, а також культурної та історичної спадщини. Він опублікував самостійно та у співавторстві 11 наукових монографій, 3 навчальні посібники з охорони природи та понад 400 наукових статей (понад 40 — у закордонних журналах). Особливо знаними є монографії: „Заповідники та пам’ятки природи Українських Карпат“ (1966), “Охорона природи Українських Карпат і прилеглих територій” (1980), “Флора і рослинність Карпатського заповідника” (1982), „В. И. Вернадский. Жизнь и деятельность на Украине (1984—1988)“, „Ужанський природний національний парк. Поліфункціональне значення“ (2008), „Дубові ліси Українських Карпат: екологічні особливості, відтворення, охорона“ (2012).
Професор Степан Стойко відомий не лише в Україні, а й в наукових та природоохоронних колах сусідніх держав: Угорщини, Словаччини, Чехії, Польщі, Білорусії, Росії та інших. Він виступав з лекціями в Агрономічному університеті імені Менделя (Брно, Чехія), Університеті імені Етвеша (Будапешт, Угорщина), в Кельнському університеті (Кельн, Німеччина).
Завдяки багаторічній співпраці з зарубіжними колегами домігся створення польсько-словацько-українського біосферного резервату „Східні Карпати“, (1999), а також польсько-українського біосферного резервату „Розточчя“ (2011). Разом з колегами Тіборем Шимоном (Угорщина), Емілем Гадачем (Чехія) та Стефаном Михаликом (Польща) опублікував у 1991 році монографію „Заповідні екосистеми Карпат“, а пізніше особисто „The East Carpathians Biosphere Reserve. Poland /Slovakia/ Ukraine“ (1999). Степан Стойко разом з зарубіжними колегами був ініціатором та співорганізатором міжнародного (Польща, Словаччина, Україна) резервату біосфери „Східні Карпати“ на площі 2132 кв. км (засновано у 1998).
Наукові та прикладні здобутки національного та природоохоронного спрямування Стойка були належно оцінені урядовими та зарубіжними відзнаками: золотою медаллю Міністерства охорони середовища і водних ресурсів Польщі (1991), званням doctor honoris causa Зволенського технічного університету за дослідження лісових екосистем Карпат та наукові праці в галузі охорони природи (1994), золотою медаллю імені Петера Й. Ленне Фундації імені Й. Ф. Гете (1995), срібною медаллю Зволенського технічного університету (2002), дипломом лауреата Державної премії України в галузі науки і техніки за цикл наукових праць колективу авторів „Розробка наукових засад і практичних рекомендацій збереження біорізноманіття в контексті сталого розвитку України“ (2005).
Дійсний (з 2002) та Почесний (з 2015) член Наукового товариства ім. Шевченка Степан Стойко активно публікував свої праці у виданнях Товариства, зокрема у „Віснику НТШ“.
«Я зробив все, що міг для збереження природи» – сказав Степан Михайлович у своєму інтерв’ю з нагоди свого 100 - річного Ювілею.
Світлу пам’ять про Степана Стойка збережуть широкі кола науковців та громадськості України й за її межами, вдячні учні й колеги.